Su misión es garantizar el acceso a los servicios de promoción, protección y recuperación de la salud, como componente del bienestar, la seguridad y el desarrollo integral de la población del departamento, mediante la prestación de los servicios de su competencia, la dirección y coordinación del sistema general de seguridad social en salud a nivel territorial y la evaluación, vigilancia y control.

Corresponde a la Secretaría de Salud el desarrollo de las siguientes funciones generales:

Formular planes, programas y proyectos para el desarrollo del sector salud y del Sistema general de Seguridad Social en armonía con las disposiciones del orden nacional.

Adoptar, difundir, implantar, ejecutar y evaluar, las normas, políticas, estrategias, planes, programas y proyectos del sector salud y del Sistema General de Seguridad Social en Salud, que formule y expida la Nación o en armonía con éstas.

 Gestionar la prestación de los servicios de salud, de manera oportuna, eficiente y con calidad a la población pobre en lo no cubierto con subsidios a la demanda, que resida en su jurisdicción, mediante instituciones prestadoras de servicios de salud públicas o privadas.

Adoptar, difundir, implantar y ejecutar la política de salud pública formulada por la Nación.

Garantizar la financiación y la prestación de los servicios de laboratorio de salud pública directamente o por contratación.

Ejercer la vigilancia y el control del aseguramiento en el Sistema General de Seguridad Social en Salud y en los regímenes de excepción definidos en la Ley 100 de 1993.

Administrar los recursos financieros del Sistema General de Participaciones en Salud destinados a financiar la afiliación al Régimen Subsidiado de la población pobre y vulnerable de los corregimientos, así como identificar y seleccionar los beneficiarios del subsidio y contratar su aseguramiento.